Aby zmaksymalizować radość z jazdy Versysem 1000, inżynierowie postanowili zamontować w nim silnik, który dostarczy jak najwięcej emocji i czegoś więcej niż dobre wyniki. Silnik który wybrano to 4-cylindrowy, rzędowy motor o pojemności 1,043 cm3, podrasowany pod kątem elastyczności. Wspaniała reakcja przepustnicy, duży moment obrotowy w każdym zakresie obrotów (zwłaszcza w zakresie niskich – średnich obrotów) oraz pociągający odgłos zasysanego powietrza sprawiają, że każdy ruch przepustnicy dostarcza fizycznych oraz słuchowych doznań, od których można by się uzależnić.

Chłodzony cieczą, 16- zaworowy, rzędowy, 4 – cylindrowy silnik DOHC o pojemności 1,043 cm3 i stosunku średnicy cylindra do skoku tłoka 77.0 x 56.0 mm oferuje duży moment obrotowy w zakresie niskich i średnich obrotów i łagodną dostawę mocy. W porównaniu z modelem Z1000, silnik zapewnia mocniejszy zakres niskich i średnich obrotów oraz lekko zredukowaną moc maksymalną. Zarówno moc maksymalna jak i moment obrotowy występują przy niższych obrotach w porównaniu z Z1000. Podczas gdy przepustnice często korzystają z krótkich kanałów dolotowych aby zmaksymalizować osiągi przy wysokich obrotach, w Versysie 1000 są one dłuższe, zapewniając możliwie najlepszą moc dla większych emocji podczas jazdy ulicznej. Przyrost mocy jest dość liniowy i dzięki ustawieniom FI, reakcja jest zarówno szybka jak i gładka. Obie te cechy ułatwiają kontrolę (zwłaszcza podczas manewrów przy niskich obrotach lub przy uruchomieniu przepustnicy) oraz zwiększają sportowy potencjał podczas jazdy. Elastyczny charakter silnika oznacza, że Versys 1000 będzie tak samo zadowolony mogąc jeździć przy niskich obrotach, jak i bardziej agresywnie w zakresie średnich i wysokich obrotów.